Cuốn sách Y Học Tùng Thư này mang trong mình rất nhiều kiến thức y học thiết thực đối với đời sống con người. Sách gồm 4 phần: 

 

- Phần I: Bước đầu nghề thuốc: Huyết mạch quản, não khí cân, mạch và sự hỗ kiến của mạch, xương cốt, đặc biệt là phần mối quan hệ biểu lý giữa lục phủ ngũ tạng.- Phần II: Thuật theo Y học phương Đông: An Nhân cho rằng, muốn học thuốc, trước hết phải biết thân thể, tạng phủ và cách biến hóa âm dương, khí huyết ra thế nào, mục Danh luận hợp thái, Những điều nên biết tróng nghề thuốc và Bản thảo phần Dược với rất nhiều vị thuốc viết theo vần ABC, mỗi vị đều được cú thích thuộc loại (mộc, thảo, cầm, thú) và trình bày: Tên khác, tính vị, quy kinh, công năng, chủ trị cùng các phụ phương chữa bệnh.- Phần III: Các chứng bệnh: Ở phần này, tác giả trình bày, phân tích kỹ lưỡng, chi tiết từ triệu chứng, định nghĩa, chẩn đoán, đến phân loại và biện chứng luận trị, từ đó, đưa ra những bải thuốc thường dùng để chữa cho 32 chứng bệnh kinh điển trong Đông y.- Phần IV: Phụ lục: Những bài thuốc thường dùng.Như vậy, có thể thấy, nội dung cuốn sách rất toàn diện, chi tiết và thiết thực, không có một câu chữ nào trong sách là thừa thãi cả.